基因工程

如何修改生命的底层代码?我们是否能创造出真正的人造生命 —— 人类可以扮演造物主的角色吗?
基因工程

课程简介

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本课程将涵盖从基础生物大分子到遗传信息的传递等内容,并深入讲解基因表达与调控,表观遗传学等前沿领域的工作进展。在实验部分,探索者将亲自动手改造基因线路(如使用 CRISPR) ,对工程菌的代谢通路进行调整,使其更好地完成任务。除此之外,大家还将了解其他控制生物系统的方法,如通过定向进化赋予蛋白新的结构或物理性质和功能,并学习如何建立数学模型预测系统行为。本课程将引领大家对基因编辑等前沿领域有更深入的了解,建立工程学思维,并通过改造基因组和大分子来解决现实问题。

课程预计成果

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学员将接触到最前沿的基因工程知识和技术,以及在实验课中学习分子生物学科研的必备技能。

所有学员将在导师及 AL 的指导下独立完成一次合成生物学科研,包括课题选择/方法论/实验设计/实验数据处理/学术论文写作的完整体验,并获得实际的成果产出,相应的学术背景提升,为未来的学术经历打好基础。

课程大纲

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第一天

  1. 生物学导论:理解生物学的主要研究范围,学习细胞和生命体的定义,结构,功能和特性。
  2. 化学导论:学习原子结构,化学键,和分子作用力的理论。理解化学特性在形成生物分子的重要性。

第二天

  1. 基础生物化学:学习DNA、氨基酸、蛋白质、脂肪、糖类的结构和它们在细胞内的合成方式。分析其结构特性在细胞和生命体的功能。
  2. 分子生物学原理:深入了解DNA的中央法则(复制,转录,和转译)。思考如何将这些机理转化成技术层面的应用。

第三天

  1. 分子生物学技术:认识质粒操纵、分子克隆、PCR、凝胶电泳和蛋白表达等常见分子生物学技术。学习在指导下设计分子生物学实验。
  2. 了解Sanger、二代和三代测序技术的发展历史,以及它们在分子生物学的用途和未来发展。

第四天

  1. 基因编辑:学习现代基因编辑技术的发展历程。探讨CRISPR-Cas9等基因编辑手段的原理,各类应用和前景。学会设计sgRNA来确认Cas9蛋白的靶向。
  2. 生物信息和组学:了解组学的定义和常见的工作流程。学习基础的生物信息学理论,并对BLAST等生信技术进行实操。
  3. 认识科研领域中常用的模式生物。理解模式生物的共性,以及生物研究需要模式生物的原因。

第五天

  1. 遗传学(一):学习原核生物的基因调控通路。理解操纵子在细菌中的工作原理。学会利用中央法则设计细菌的蛋白表达通路。(说实话,这些东西放在分子克隆之前会不会好点)

第六天

  1. 遗传学(二):学习真核生物的基因调控通路。了解转录因子和DNA/组蛋白修饰在真核生物中对蛋白质表达的影响。理解小分子RNA调控蛋白表达的机制。探讨表观遗传学的主要研究方向和实际案例。

第七天

  1. 酶动力学:理解热力学和动力学如何主导生化反应的速率和自发性。 学习利用数学模型计算酶在特定环境下的反应速率参数。
  2. 代谢组学(一):学习碳水化合物在细胞内的代谢,包括糖酵解、糖异生和三羧酸循环等通路。学习光合作用在植物中工作的具体原理。

第八天

  1. 代谢组学(二):学习脂肪酸、氨基酸和核苷酸在细胞内的代谢通路。
  2. 代谢工程:理解如何调节代谢通路来优化工程菌的能量利用/代谢物生产效率。理解合成生物学的基本概念,并了解生物合成的成功案例。

第九天:特别课题

  1. 癌症生物学
  2. 免疫学
  3. 结构生物学和电子显微技术
  4. 干细胞和再生

前置要求

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高中生物,高中化学。具有一定英文读写能力,对分子生物学有兴趣。

导师简介

上海科技大学物质科学与技术学院助理教授、研究员。2013年9月毕业于德国柏林工业大学(Technische Universität Berlin),获得自然科学博士学位(Dr. rer. nat.);随后于2013年12月至2017年8月在美国西北大学(Northwestern University)从事博士后研究;2017年9月加入上海科技大学物质科学与技术学院,任助理教授、研究员、博士生导师。2018年获上海市“浦江人才计划(A类)”资助。2018年8月起任Springer Nature出版社《SN Applied Sciences》杂志编委。2019年4月起担任中国生物工程学会青年工作委员会委员。2020年12月获得上海科技大学“优秀教师”荣誉称号。2022年3月起担任《Frontiers in Natural Products》杂志副主编 (Associate Editor)。

学术助教

张紫菡

2023

宾夕法尼亚大学

Life Sciences & Management 双专业、USABO 生物竞赛金奖

丁元枨

2021、2023

帝国理工学院

帝国理工学院生物化学专业、国际基因工程机器大赛「iGEM」指导员带领团队获金奖、曾参与 CRISPR 新冠核酸检测试剂盒的开发

邹翰侨

2022、2023

帝国理工大学

生物科技专业,X ACADEMY 2021 探索者、 2022 领航员。兴趣方向是神经科学和认知哲学

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